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从蛋白质预测到全组学融合:生物科学大模型如何解密生命科学终极密码

2025年4月

生命科学正经历一场静默却颠覆性的革命——借助生物科学大模型,人类能够从海量数据中解码生命的复杂规律。从癌症早筛到药物研发,从农田到实验室,这项技术正在重塑我们对生命的认知。新型生物科学大模型,开始通过建模生物系统的内在规律,利用深度学习技术对大规模组学数据(如基因组、蛋白质组、代谢组等)进行整合、处理和转换,从而得到高维特征。

从 20 世纪西洋棋程序诞生、“神经网络”概念的提出,到现在以 Arc 研究所的 Evo2、津渡生科的 GeneLLM® 为代表的新一代大模型的相继问世,人工智能技术正在以前所未有的速度重塑人类对生命科学的认知边界,逐步绘制出生命科学的“全景知识图谱”。

生物科学大模型源流——建模技术的革新突破

一、生物科学大模型的起点——深度学习

深度学习理论奠定了大模型进行逻辑运算和生成式预测的基础。2006 年,Geoffrey Hinton 提出深度学习概念,即特指基于深层神经网络模型和方法的机器学习技术,通过模拟人脑的深层次抽象认知过程,实现对数据的复杂运算和优化;其核心在于通过多层神经网络结构,逐层提取特征,最终实现复杂的模式识别和决策任务。

二、生物科学大模型的第一个里程碑——AlphaFold2 

2018年,DeepMind 推出的 AlphaFold 模型解决了蛋白质折叠这个跨世纪的生物难题,2020 年,DeepMind 推出的AlphaFold2 以 1.7 亿参数规模,实现了蛋白质三维结构的高精度预测,完整建立了用于蛋白质结构预测的端到端架构。AlphaFold2 的出现是生物科学大模型的首个全球性里程碑。

三、生物科学大模型的第二个里程碑——Evo 模型

继 AlphaFold2 后,生物科学大模型转向更广泛的数据类型和更大的模型规模。其中,由 Arc 研究所开发的 Evo 模型(70亿参数),代表了基因组学研究的新高度。该模型突破传统单任务模型的局限,首次实现了对 DNA 序列的统一建模

而后研发的 Evo 2 参数规模扩展至 400 亿,涵盖从细菌到人类超 100 万物种的基因组数据,捕捉跨物种的进化模式和遗传变异,展示了 AI 在基因组设计、医学诊断等领域的广泛应用潜力。

四、生物科学大模型的时代新纪元——GeneLLM® 突破“单维度”局限,实现全尺度解析

深圳津渡生物医学科技有限公司自主研发的 GeneLLM®,成为国内首个实现跨组学智能融合的生物科学大模型。GeneLLM® 在技术上不仅颠覆了传统多组学数据分析模式,而且开启了一种直接基于原始数据的全新研究范式,构建起了生物科学领域研究的“超级大脑”,推动其从基础研究到产业实践的全面升级。


多维建模:GeneLLM® 解析生物科学的底层规律

一、技术革新:GeneLLM® 建立底层模型新范式

1. 跨组学融合:突破生命复杂系统解析边界

就像交响乐团指挥融合不同乐器,GeneLLM® 突破了传统单组学模型的局限,已完成15 亿参数规模预训练,学习超 3.5 万亿碱基序列的深层规律,实现了对基因组、转录组、蛋白质组、宏基因组学和表观组学等全维度生命数据的深度融合,为疾病机制解析、分子设计育种、生态系统健康评估等场景提供新一代底层技术驱动引擎,构筑了生命科学领域的数字孪生基座。这种多模态建模能力显著提升了模型对复杂生命现象的解析精度。

2. 预训练-微调结合:实现跨领域知识迁移

GeneLLM® 模型采用“预训练-微调”两阶段训练机制,能够灵活服务于基础研究、医学诊断、生物制造、生物育种、环境监测和疾病治疗的多样化任务需求,实现智能迁移跨领域知识。同时针对不同用户群体,能够提供轻量化推理终端与定制化解决方案,助力科研单位及中小企业共享 AI 科研红利,加速生物科技创新成果转化。

例如,在医学诊断方面,利用 Vit-RNA 从原始数据层面解析基因表达特征,可以为癌症亚型分类提供依据,也可以挖掘新型疾病候选标志物。

3.参数效率跃迁:降本增效显著

GeneLLM® 通过高效的压缩技术,仅需少量数据(如百例数据)便可从中挖掘与表型相关的特征,显著提升了数据利用效率。其次,模型采用轻量化架构,显著降低了模型的计算和存储需求,即模型在保持高性能的同时大幅降低了算力需求,降低了科研计算成本,实现了“小数据不降性能”的突破。

二、创新破界:从基础科研到产业转化全链条

1. 多样化场景覆盖

GeneLLM® 系列多组学分析平台基于前沿的深度学习技术,通过整合 Vit-DNA、Vit-RNA、Vit-Epi 和 Vit-Meta 四大核心模块,支持基础科研、生物制造优化、生物育种、环境监测、疾病治疗等多样化场景,提供全维度、多模态的解决方案,助力生命科学产业链全面升级。

在医学诊断方面,GeneLLM® 突破了传统“单一方法诊断单一疾病”的限制,打造出“一个大模型对多组学、多疾病的综合诊断”新模式。如在血浆游离 RNA 组学方面,成功识别出多种疾病的早期信号,包括阿尔兹海默症、肺癌、肝癌、胃癌、早产等疾病;

在生物育种方面,基于盐碱地与常规土壤样本的菌群数据,可以利用 Vit-Meta 挖掘与耐盐、抗逆性相关的特征菌群,协助构建抗胁迫品种的初步候选模型,从而有效辅助选育抗逆品种;

在环境监测领域,使用 Vit-Meta 可以分析污染与清洁水体样本中的 16s 序列数据,识别与化学需氧量等污染指标关联的候选指示菌群,为现场监控方案的制定提供先导信息以及环境治理提供数据支持。

为加速 GeneLLM® 技术的产业化应用,津渡生科进一步构建了以该模型为核心的一站式生物科学服务平台——Bioford™️。平台整合九大生物科学 AI 模型矩阵,深度融合多组学、AI 算法与生物信息学,构建从基础科研到产业落地的全栈解决方案。同时支持小样本数据训练与实时推理,为不同应用场景提供安全可靠的技术保障。

生物科学大模型并非终点,而是开启生命科学新纪元的密钥。如同 20 世纪 DNA 双螺旋结构的发现奠定了分子生物学的技术底座,如今以 GeneLLM® 为代表的技术革命,正通过底层架构的突破,重塑生物医疗、绿色农业、生态保护等领域的产业范式。这一技术浪潮加速了基础科研向产业转化的进程,在全球范围内展现出 AI 驱动生物科学创新的中国智慧,为全球人类健康治理与可持续发展注入新动能。